水、エポキシ樹脂、PMMAについてスクリプトを使用して温度を制御しながらVSOPを連続実行することで非平衡MD計算を実施し、その結果から熱伝導率を求めることができる。モデルを等間隔に複数のスラブに分割して、両端を高温に中央を低温に温度スケールしながら繰り返し計算を行い、得られた温度勾配と与えた熱量から熱伝導率を求めた。