2012-10-17 J-OCTA V1.6SP2およびVSOP V1.4SP2をリリースしました


J-OCTA V1.6SP2 をリリースしましたのでお知らせいたします。
J-OCTA V1.6SP2では、以下の機能が修正・改良されています。



プラットフォーム機能の改良


  • LAMMPSおよびGROMACS形式データとCOGNACデータ形式とのコンバート機能をプラットフォームに追加しました。
  • MOL/PDB形式ファイルをCOGNAC-UDFに読み込む機能を追加しました。
  • 2ギガバイト以上のテキストUDFの読み込み・書き込みに対応しました(バイナリUDFについてはV1.6SP1で対応済み)。
  • UDF/BDFファイルをJ-OCTAアイコンまたはJ-OCTA画面にドロップして開くことができるようになりました。


COGNACモデラ(モノマーモデラ)


  • モノマーモデル内で同じ化学構造の部分を同じ粗視化グループ名として設定できるようになりました。
  • 構造最適化(MM)のダイアログで電荷計算のON/OFFが操作できるようになりました。


COGNACモデラ(ポリマーモデラ)


  • 結合の無い粗視化粒子の非結合テーブルポテンシャルが作成できるようになりました。
  • 粗視化テーブルポテンシャルのアングルおよびトーションの分割方法をCOGNACと同じcos(θ)等分割にしました。これまではθ等分割でした。
  • 構造最適化(MM)のダイアログで電荷計算のON/OFFが操作できるようになりました。
  • 過剰電荷の調整ダイアログを追加しました。構造最適化(MM)実施の前にご利用いただけます。
  • 分子動力学計算(MD)ダイアログで、VSOPによるMD計算が可能になりました。また、電荷計算のON/OFF操作も可能です。
  • 粗視化ポテンシャルの種類が多い時に、粗視化ポテンシャル(BAT,LJ)のための粗視化ポテンシャルダイアログの開始に非常に時間がかかっていた不具合を修正しました。
  • アモルファス作成機能に下記の設定項目を追加しました。
    - [定積の緩和時] 温度および温度スケール間隔
    - [緩和時] 温度および圧力


COGNACモデラ(粗視化非結合モデラ)


  • 粗視化非結合ポテンシャルの繰返し計算中でも計算の経過が確認できるようになりました。
  • MD計算タブのカットオフ距離でエネルギーがゼロになるように上下にシフトし、それより遠くはゼロにするようにしました。


COGNACモデラ(化学反応モデラ)


  • 反応後モノマー生成パターンが多い場合、メモリを大量に使用します。このうち、入力ファイル生成時に使用するメモリ量を削減しました。
  • 反応点が複数の反応点と反応するように設定すると、反応後モノマー生成パターンが不足する不具合を修正しました。
  • 反応前の環構造に依存して反応後のアングルおよびトーションの力場パラメータが不足する不具合を修正しました。
  • 反応点が1種類しか設定されていない時、反応条件が書き出されない不具合を修正しました。


J-OCTA英語版


  • 事例データベースの英語化対応を行いました。


VSOP


  • 部分領域における物理量(応力、密度、配向パラメータ)算出の機能を追加しました。
  • 回転モーメントの除去機能を追加しました。
  • 反応計算に関して以下を修正しました。
    - 1%以下の反応確率に対応
    - 反応の発生率が低い問題を修正









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