2013-03-27 J-OCTA V1.7をリリースしました


J-OCTA V1.7をリリースしましたのでお知らせいたします。
J-OCTA V1.7では、以下の機能が追加・改良されています。



新システムモデラ(COGNACモデラ)


原子・分子の構造編集、複数の系の結合など、GUIを用いて簡単にモデリングできるようになりました。以下の機能が含まれます。


  • 3D構造編集機能
    COGNACモデル(UDF)の分子・原子の位置を任意に編集(移動、回転)することができます。分子のコピー、削除も可能です。
  • モデルの組み立て機能
    複数のCOGNACモデル(UDF)を組み合わせて、1つのCOGNACモデル(UDF)を作成します。
  • セルの複製機能
    指定されたCOGNACモデル(UDF)をX,Y,Zの各方向に指定された数だけ複製します。結晶構造の作成などに利用できます。

モデルの組み立て
モデルの組み立て
(結晶(シリカ)とポリプロピレン)

  • フィラー作成機能
    指定された半径のフィラーを作成します(Bead-Springモデル対応)。
  • オブスタクル機能
    COGNACモデル(UDF)の中にオブスタクル領域(空隙)を作成します。本機能を利用して、ポリマーモデルの中にフィラーを挿入することができます(Bead-Springモデル対応)。

フィラーモデルの作成
フィラーモデルの作成

  • アモルファス構造作成機能
    高分子アモルファス構造を作成します。VSOPにも対応しています。
  • リバースマッピング機能
    粗視化分子動力学結果の粗視化粒子を全原子モデルに変換します(本機能はオプションです)。

※本モデラの導入により、V1.6以前の「システムモデラ」は「システムモデラクラシック」に名称変更されました。



プラットフォーム機能の改良


  • COGNAC描画画面で、視線方向の変更、描画タイプの変更(ball-stick/line表示切替、境界条件表示切替)、指定分子(分子インデックス / 分子名)の表示操作が簡単になりました。
  • LAMMPSファイルからCOGNACへの変換機能が追加されました([ファイル]-[ファイルの変換])。
  • ネットワークドライブを含むプロジェクトツリーの表示順がソートされるようになりました。


COGNACモデラの改良


  • 粗視化非結合モデラ:粗視化ポテンシャル計算でポテンシャルのカットオフがポテンシャル毎に設定できるようになりました。
  • ポリマーモデラ:LJ型粗視化非結合ポテンシャルの計算時に、並列数の指定が可能になりました。
  • ポリマーモデラ:「過剰電荷の調整」で、少数点以下15桁まで調整可能になりました。


VSOPの改良


  • BMHポテンシャルとLJポテンシャルが同時に計算できるように改良されました。
  • ライセンス不足の場合にライセンス待機できる機能が追加されました。
  • 部分領域における物理量算出機能において、計算ステップ間隔が設定できるようになりました。
  • 反応後のVSOP->COGNAC変換時に原子番号の値が不正になる問題が修正されました。
  • 0Step目の統計データがCOGNAC結果UDFに反映されるようになりました。










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